Classificare significa ordinare con senso logico, rispettando dei criteri di classificazione.

Una classificazione di tutti gli organismi è necessaria: in questo modo, in qualunque parte del mondo ci troviamo, è possibile riconoscere un organismo e, nel caso di nuove scoperte, diventa possibile farlo conoscere a tutto il mondo.

• ARISTOTELE (350ac)
  Vuole classificare tutti gli organismi, lo fa in un testo chiamato “De Anima”.
  Separa gli animali “senza sangue” e “con sangue”.
• PLINIO IL VECCHIO (50dc)
  Classifica piante e animali, ma include anche esseri mitologici e fantastici.
• ALDOVRANDI (1550dc)
  Elabora 13 volumi su animali e piante, i quali vengono classificati a seconda di somiglianze esteriori e a cui da dei nomi comuni.

Viene inventato il microscopio (attorno al 1600), ciò permette un'osservazione più semplice di tutti gli organismi.

• RAY (1650dc)
  Scrive "Storia delle piante", libro con classificazione botanica.
• LINNEO (1700dc)
  Crea la nomenclatura binomia, tutt'ora utilizzata per la classificazione (viene infatti definito il "padre" della classificazione stessa).
• WHOSE (1970)
  Effettua un analisi biomolecolare e si rende conto che è necessario separare il regno delle monere (che vedremo subito dopo).

I livelli tassonomici più alti prendono il nome di Dominio e di Regno.

Il Dominio è basato sulle differenze genetiche date dall'evoluzione temporale di tutti gli esseri viventi (teoria Filogenetica).

Secondo gli studi di Whose esistono 3 domini (precedentemente erano due ma il primo è stato poi diviso, azione che verrà spiegata in seguito).

Il Regno è il livello successivo al Dominio, ed è quello condiviso da tutta la comunità scientifica.

NB: Ad oggi la classificazione è stata nuovamente modificata, variando il numero di Domini (riportandolo a due) e ampliando il numero di regni a 7 (Cavalier-Smith - 2004)

 Il regno delle Monere , dove sono posti gli organismi unicellulari a cellula Procariote, comprende in realtà due Domini che lo dividono. La divisione è stata effettuata dato che, osservando la composizione biomolecolare degli Archibatteri, ci si è resi conto che essi erano strutturalmente più vicini agli organismi Eucarioti, al contrario degli Eubatteri. Il regno rimane quindi sempre quello delle Monere ma vengono separati Eubatteri e Archibatteri.

I primi, gli Eubatteri, si classificano in base alla forma in:

• Bacilli - Hanno forma bastoncellare e vivono principalmente isolati.

• Cocchi -  Hanno forma tondeggiante. Si associano a due a due come “diplococchi” oppure in gruppi più numeroni.

• Spirilli - Hanno forma a spirale.

• Vibrioni - Hanno forma a “virgola”, leggermente curva.

Gli Archibatteri sono batteri particolari, noti per resistere ad ambienti estremi nei quali nessun altro organismo riuscirebbe a vivere. Si dividono in:

• Termofili - I quali vivono in ambienti con elevatissime temperature, come i Gayser.

• Acidofili - I quali riescono a resistere a pH estremi, ad esempio appartengono a questo gruppo i batteri che vivono nel nostro stomaco.

• Alofili - I quali riescono a resistere ad elevate concentrazioni di salinità, senza andare in contro a disidratazione.

• Metanogeni - I quali riescono a vivere in ambienti privi di ossigeno e che sfruttando un metabolismo anaerobio producono metano, ad esempio i batteri che si trovano nello stomaco dei ruminanti.

Il Regno dei Protisti comprende organismi unicellulari con cellula Eucariote, che sono separati in base al tipo di metabolismo in Protozoi (eterotrofi) e Alche Unicellulari (Autotrofe).

I Protozoi sono classificati in base agli organuli di movimento che possiedono in:

• Flagellati - Possiedono dei flagelli (da 1 a 4) ad un polo della cellula. Conducono vita libera principalmente in acqua e in terreno umido. Qualche specie possiede caratteristiche patogene. 
• Ciliati - Sono interamente o parzialmente ricoperti da cilia che si muovono principalmente in modo rotatorio. Possiedono un Macronucleo e un Micronucleo. Hanno una rudimentale "bocca", cioè una introflessione dove spingono il cibo utilizzando il movimento delle cilia. Solitamente vivono anch'essi in acqua.
• Ameboidi - Non hanno una forma fissa. Si muovono sfruttando estroflessioni citoplasmatiche chiamate pseudopodi. Alcuni possiedono dei rivestimenti esterni che possono essere di Carbonato di Calcio (chiamati Foramiferi) oppure di Silicio (Radiolari). Vivono in acque e terreni umidi.
• Sporozoi - Sono racchiusi in strutture protettive, cisti o spore, che si aprono solamente quando si trovano in un organismo ospite, difatti sono quasi tutti parassiti.

Le alghe unicellulari sono classificate in base al pigmento che possiedono in:

• Verdi - (Cloroficee) Pigmento verde, sono le più superficiali e contengono clorofilla.
• Rosse - (Rodoficee) Pigmento rosso, contengono xantofille.
• Gialle - (Crisoficee) Pigmento giallo poiché contengono ficobilina e rodopsina, sono quelle più profonde.

I Funghi sono organismi che appartengono al dominio degli Eucarioti. Si dividono in due phylum, quello dei Mixomiceti (i funghi mucillagginosi) e quello dei Ficomiceti.

Sono eterotrofi e si nutrono per assorbimento, producendo enzimi digestivi che sciolgono le sostanze organiche. Posso anche essere saprofiti, cioè si nutrono di sostanze in decomposizione. Molti sono parassiti, ad esempio i funghi che causano le micosi, oppure simbionti di altri organismi, come licheni e micorizie.

I Mixomiceti sono in grado, durante il loro ciclo vitale, di unirsi tra di loro, formando un aggregato di citoplasma che prende ilo nome di plasmodio, eliminando le membrane cellulari. Si forma così una cellula plurinucleata che può contenere  più di 100 000 nuclei.

i Ficomiceti invece si dividono in 4 gruppi:

• Deuteromiceti - Sono caratterizzati da riproduzione asessuata, il metodo principale utilizzato è la frammentazione delle ife.
  
• Ascomiceti - Possiedono delle cellule riproduttive che formano un sacco che prende il nome di Asco (Es: muffa del gorgonzola). 
  
• Basidiomiceti - Formano strutture cave chiamate Basidi, da cui escono le spore. Sono formati da una parte Ipogea (sotto terra) e da una Apogea (in superficie). Sono i funghi che vengono raccolti comunemente.
  
• Zigomiceti - Formati da spore singole molto resistenti (Es: muffa del pane).

Gli organismi vegetali sono organismi pluricellulari, con cellula Eucariote, dotate di metabolismo autotrofo.

Il regno dei vegetali è diviso in Briofite, Tracheofite e Alghe Pluricellulari.

Le Briofite sono le piante più semplici e primitive, difatti fanno la loro comparsa circa 500milioni di anni fa. Non hanno apparati, tessuti o organi ma sono un aggregato di molecole. Possiedono filamenti di ancoraggio, detti rizoidi, che sostituiscono foglie e radici. Essi assorbono acqua e nutrimenti per osmosi (es: Muschio).

Le Tracheofite sono piante con veri propri organi, apparati e vasi conduttori (più evolute). Si dividono in Pteridofite e Spermatofite.

Le Pteridofite sono senza semi. Devono vivere in ambienti umidi dal momento che si riproducono utilizzando spore, le quali devono subito germogliare poiché non possiedono un guscio protettivo.

Le Spermatrofite sono piante con semi. Sono a loro volta suddivise in Angiosperme e Gimnosperme.

Le Gimnosperme sono in via di estinzione dal momento che i semi prodotti non sono protetti da nessun frutto, quindi la riproduzione è difficile e a rischio.

Le Angiosperme possiedono semi protetti da un frutto, che si genera ogni volta che è presente il fiore. Sono le piante più evolute e quindi le ultime comparse sulla terra.

La classificazione degli animali risulta essere la più complessa, per via delle grandi differenze tra gli organismi che fanno parte di questo regno. Qui possiamo trovare organismi pluricellulari, con cellula Eucariote, che possiedono metabolismo eterotrofo.

La prima grande divisione che è necessario fare è quella tra Invertebrati e Cordati.

Gli invertebrati sono animali privi di una struttura di sostegno e comprendono (in ordine di sviluppo/tempo):

• Poriferi - Più primitivi. Non hanno nessuna simmetria e possiedono uno strato di cellule flagellate, poiché derivano dai protozoi flagellati. Anch'essi sono definibili come aggregato di molecole.
• Celenterati - Acquisiscono una simmetria raggiale, tipica degli animali sessili. Possiedono aggregati cellulari definibili come tessuti.
• Platelminti - Sono i primi organismi a spingersi sulla terra. Possiedono una simmetria bilaterale. Hanno apparati (il digerente) e organi di senso (ocelli, organi visivi primitivi) molto semplici.
• Nematodi - Hanno apparati più complessi, sono i primi a possedere sessi distinti. Molti sono parassiti.
• Anellidi - Hanno tutti gli apparati ( come il circolatorio o il sistema nervoso) tranne il respiratorio.
• Artropodi - Sono i primi a spingersi in cielo e nella terra asciutta. Vi appartengono animali molto diversi fra loro, in comune tutti hanno zampe, apparato respiratorio e un esoscheletro che li protegge dalla disidratazione.
  Qui possiamo trovare: Aracnidi, Crostacei, Diplopodi e Insetti.
• Molluschi - Sono invertebrati che vivono in ambienti diversi, la caratteristica comune è che tutti posseggono una conchiglia. I Bivalvi hanno la conchiglia divisa in due parti, i Gasteropodi la posseggono attorcigliata e i Cefalopodi posseggono solo un residuo di conchiglia interno.
• Echinodermi - Sono l'anello di congiunzione con i cordati. 

I Cordati posseggono una struttura cartilaginea di sostegno, chiamata notocorda, che durante l'evoluzione diventerà poi la spina dorsale. Si dividono in Vertebrati e Cefalocordati.

I Cefalocordati sono i cordati più primitivi, difatti la notocorda è ancora cartilaginea e non ossea.

I Vertebrati posseggono una spina dorsale ossea e si dividono in Agnati (senza mascella) e Gnatostomi (con mascella).
Da questi ultimi, seguendo una progressiva evoluzione, si sono poi generate le categorie di animali più evoluti: Prima i Pesci (cartilaginei e ossei), poi gli Anfibi, i Rettili (i quali sviluppano un uovo calcareo resistente anche al di fuori dell'acqua e una pelle resistente ai raggi solari) e infine dai rettili i Mammiferi e gli Uccelli.